医療費控除でいくら戻る？年収別・医療費別の目安と、所得税の還付・住民税の軽減の内訳（令和8年分）

医療費控除は「10万円を超えた分が戻る」と説明されることがありますが、戻るのは超えた分の全額ではなく、その分にかかっていた税金です。所得税は確定申告で還付され、住民税は翌年度の住民税が減ります。この記事では、独身の会社員を例に、年収と医療費ごとにいくら減るのかを、当サイトの計算エンジンで求めます。

計算は当サイトの医療費控除シミュレーションと同じもので、所得税法第73条、租税特別措置法第41条の17、国税庁のタックスアンサーにもとづいています。令和8年分（2026年1〜12月に支払った医療費）の確定申告が対象です。

医療費が30万円なら、年収500万円の独身で約3万円減る

年収500万円・独身・扶養なし（35歳・給与のみ）の人が医療費を30万円払った場合、足切りの10万円を引いた200,000円が控除額です。所得税は10,210円が確定申告で還付され、住民税は20,000円、翌年度の住民税が減ります。合計は30,210円で、払った30万円の約1割です。

所得税の税率が5%の区分（課税所得が195万円未満）にいる人は、控除額1万円あたり、所得税が約510円（5%と復興特別所得税2.1%）、住民税が1,000円（10%）で、合計約1,510円です。医療費が250万円かかっても控除額は200万円が限度で、所得税は納めていた全額（91,073円）までしか戻りません。

所得税は「戻る」、住民税は「減る」

住民税は現金では戻りません。前年の所得について医療費控除を差し引く決まりなので（地方税法第314条の2）、令和8年分の医療費控除は、令和9年度（2027年6月から）の住民税を減らします。同じ医療費30万円で、年収を変えて比べます。

年収が高いほど所得税の税率が上がって還付は増えますが、住民税の軽減は年収にかかわらず同じ20,000円（控除額の10%）です。年収400万円・500万円の独身では、住民税の軽減の方が所得税の還付より大きく、合計の約3分の2を占めます。「確定申告で戻ってくる額」だけを見ると、この人たちが医療費控除で得をする額の約3分の1にしかなりません。

令和8年度改正で、税率5%の区分が広がった

令和8年分から基礎控除が最大104万円に引き上げられたため（令和8・9年分）、課税所得が195万円未満になる年収の範囲が広がりました。独身（35歳・給与のみ）で、医療費控除を受ける前の課税所得が195万円未満になる年収の上限は、改正前のルールでは約475万円、改正後は約525万円です。配偶者（収入なし）と16歳未満の子2人がいる世帯では、約528万円から約583万円になります。

この範囲の人が医療費控除で得る所得税の効果は、控除額の約5.1%と小さく、住民税（10%）の方が大きくなります。「改正前」は、令和8年度改正がなかった場合の令和8年分の基礎控除（合計所得132万円以下は95万円、336万円以下は88万円、489万円以下は68万円、655万円以下は63万円）で計算した値です。

税率の区分をまたぐと、「控除額×税率」より少なくなる

所得税の税率が高い区分にいる人でも、控除で課税所得が下の区分に下がる場合は、控除額に高い方の税率を掛ける簡易計算は実際より多くなります。課税所得が330万円のすぐ上にいる例として、年収675万円の独身を見ます。控除前の課税所得は3,311,000円で税率20%ですが、控除200,000円で3,111,000円（税率10%の区分）に下がります。「控除額×20%（復興特別所得税を含む）」の簡易計算では40,840円になりますが、控除の前後の税額を実際に計算すると21,543円です。

所得税と住民税の税率が変わる境目にいる人は、簡易計算ではなく、控除の前後の税額の差で確かめてください。

収入が少ない人は、足切りが10万円より低くなる

総所得金額等（給与だけなら給与所得）が200万円未満の人は、足切りが10万円ではなく、総所得金額等の5%になります（所得税法第73条）。独身の給与収入で言うと、およそ300万円未満です。医療費20万円の場合を比べます。

年収200万円の独身は、所得税の課税所得が0円で所得税がかからないため、所得税の還付は0円です。所得税の還付は、源泉徴収された所得税があってはじめて発生します（国税庁 No.2030）。それでも、住民税の軽減は13,700円あります。

セルフメディケーション税制が有利になるのは、医療費の合計が「対象薬＋8万8,000円」より少ないとき

セルフメディケーション税制の控除額は、対象の市販薬の購入額から1万2,000円を引いた額（上限8万8,000円）、通常の医療費控除は、医療費の合計から足切り（10万円）を引いた額です。対象の市販薬をすべて治療のために買い、通常の医療費にも含まれるとすると、通常の控除がセルフメディケーション税制の控除に追いつくのは、医療費の合計が「足切り10万円＋セルフメディケーション税制の控除額」になったときです。

医療費の合計がこの額より少なければ、セルフメディケーション税制の方が控除額が大きくなります。対象の市販薬が10万円を超えても、通常の控除が上回るのは医療費の合計が188,000円を超えたときです。市販薬だけで188,000円を超える場合は、最初から通常の控除の方が大きくなります。控除額が大きいほど税金が減る額も大きくなるので、控除額の大きい方を選べばよい、ということです。

ただし、どちらか一方しか選べず、確定申告のあとで選び直すことはできません（国税庁 No.1131）。セルフメディケーション税制は、健康診断や予防接種などの「一定の取組」を行っていることも条件です（国税庁 No.1129）。この表は、総所得金額等が200万円以上（足切り10万円）で、保険金などの補てんがない場合です。

共働き夫婦は、誰が支払ったかで戻る額が変わる

医療費控除は、医療費を実際に支払った人が受けます（国税庁 No.1120）。お互いを扶養にしていない共働き夫婦（年収700万円と300万円）が、医療費40万円を支払った場合を比べます。

同じ40万円でも、年収700万円の人が支払うと合計80,948円、年収300万円の人が支払うと45,315円で、差は35,633円です。所得税の税率（20%と5%）が違うためで、住民税の軽減は同じです。また、半分ずつ払って別々に申告すると、足切りが2回引かれて控除額の合計が10万円少なくなり、合計は45,525円です。

医療費は実際に支払った人が控除を受けるので、誰が支払うかは、家計の実態にもとづいて決まります。この表は、支払った人によって結果が変わることを示すもので、支払い方を勧めるものではありません。

この記事の前提と、確認できていないこと

• 表は、給与所得だけの会社員が、年末調整を済ませたうえで、医療費控除だけを確定申告で追加する場合です。独身・35歳・扶養なし（共働きの表は、お互いを扶養にしていない場合）で、保険金などの補てんはありません。
• 社会保険料は料率による概算です（標準報酬月額の等級表は使っていません）。調整控除（最大2,500円）は含みません。年収の境目（税率5%の区分の上限など）は、この概算のため数万円ずれることがあります。
• 住民税の軽減は、表の世帯では確実に減る額です。家族構成などで住民税の課税所得が変わる場合は、当サイトのシミュレーションが範囲で示します。
• 「改正前」の数字は、国税庁の資料にある令和8年度改正前の基礎控除の表で計算しています。国税庁の確定申告書等作成コーナーの計算結果との照合はしていません。
• 令和9年分から、セルフメディケーション税制の対象医薬品が広がります（金額は同じ）。この記事は令和8年分です。

自分の年収や医療費で計算したい場合は、医療費控除シミュレーションをご利用ください。一般的な情報であり、専門的助言ではありません。